Τα Συγχρηματοδοτούμενα Προγράμματα αφορούν προγράμματα που συγχρηματοδοτούνται στην Κύπρο:

• από συγκεκριμένα κονδύλια του Πολυετούς Προϋπολογισμού της ΕΕ τα οποία έχουν κατανεμηθεί στην Κύπρο (τα προγράμματα αυτά χρηματοδοτούνται κυρίως από τα Ευρωπαϊκά Διαρθρωτικά και Επενδυτικά Ταμεία),
• από εθνικούς πόρους (κρατικό προϋπολογισμό).

Οι τομείς προτεραιότητας που χρηματοδοτούνται συναποφασίζονται μεταξύ της ΕΕ και της Κύπρου και η διαχείριση των προγραμμάτων αυτών γίνεται στην Κύπρο με δικαίωμα ελέγχου από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Κατά κανόνα, οι προτάσεις υποβάλλονται για έγκριση σε αρμόδιους φορείς του δημόσιου ή ευρύτερου δημόσιου τομέα της Κύπρου, ανάλογα με το Πρόγραμμα.

Σημειώνεται ότι, για τα Προγράμματα Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας (ΕΕΣ), οι τομείς προτεραιότητας συναποφασίζονται μεταξύ των χωρών που συμμετέχουν στο Πρόγραμμα σε συνεργασία με την ΕΕ. Για κάθε Πρόγραμμα συνεργασίας υπάρχει μια (κοινή) Διαχειριστική Αρχή (ΔΑ) η οποία εδρεύει σε μία από τις χώρες που συμμετέχει στο Πρόγραμμα. Οι προσκλήσεις υποβολής προτάσεων εκδίδονται από τις ΔΑ των Προγραμμάτων.